Hầu hết các học giả chấp nhận giả thuyết về nhà thờ năm 1905 của Toros Toramanian, một kiến trúc sư người Armenia. Ông đã làm việc ngay từ những cuộc khai quật đầu tiên và đề xuất rằng, nhà thờ có ba tầng. Một só học giả khác gồm Stepan Mnatsakanian và A. Kuznetsov lại bác bỏ ý kiến đó và đưa ra một ý kiến nhận định khác. Kuznetsov cho rằng giả thuyết của Toros Toramanian là "phi logic về mặt xây dựng", đồng thời nhấn mạnh rằng, chuyên môn kỹ thuật tại thời điểm đó không tương ứng với thiết kế táo bạo mà kiến ​​trúc sư đã nghĩ ra.[5]

Phần bên trong nhà thờ được khảm có hình thập giá Hy Lạp hoặc có thể là dạng bốn tù và. Một lối đi bao quanh khu vực này, trong khi bên ngoài là một đa giác 32 cạnh, xuất hiện từ xa như một hình tròn. Một số nguồn tin cho rằng nhà thờ Zvartnots được mô tả từ trên núi Ararat trong một bức phù điêu ở nhà thờ Sainte-Chapelle ở Paris. Tuy nhiên, điều này không khả thi lắm vì bức bích họa đã được vẽ hơn 300 năm sau khi nhà thờ bị phá hủy.

Cùng với các nhà thờ ở Vagharshapat thì tàn tích của nhà thờ chính tòa Zvartnots đã được UNESCO công nhận là Di sản thế giới từ năm 2000. Bản vẽ của nhà thờ đã từng được mô tả trên tờ tiền giấy 100 AMD đầu tiên của Armenia và hiện được lưu giữ trong Bảo tàng Lịch sử Yerevan. Hình tượng của nó cũng là nguồn cảm hứng để kiến trúc sư Baghdasar Arzoumanian thiết kế và xây dựng Nhà thờ Chúa Ba Ngôi ở Malatia-Sebastia, Yerevan và đã được hoàn thành vào năm 2003.